ยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน เป็นเรื่องเกี่ยวกับ คุโด้ ชินอิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปี ที่มีทักษะพิเศษในการไขคดีจนมีชื่อเสียงโด่งดัง ซึ่งวันหนึ่งได้ไปเที่ยวกับเพื่อนสมัยเด็กที่ชื่อโมริ รัน ที่สวนสนุก tropical land และได้ไขคดีการฆาตกรรมบนรถไฟเหาะ ระหว่างทางกลับชินอิจิได้ไปเห็นชายสวมชุดดำเจรจาแลกของต้องสงสัย จึงไปแอบดูการเจรจาดังกล่าว แต่หารู้ไม่ว่ามีคนขององค์กรแอบอยู่ด้านหลังอยู่จึงถูกทำร้ายและถูกจับกินยา APTX 4869 เพื่อสังหารชินอิจิ (ยาพิษจะเร่งการตายของเซลล์อย่างเกินการควบคุมจนผู้ทานยาเสียชีวิต) โดยจะไม่มีร่อยรอยยาพิษหลงเหลือในศพของคุโด้แต่ยากลับผิดพลาดเนื่องจากยังอยู่ในขั้นทดลองจึงไม่ทำให้ชินอิจิเสียชีวิต แต่กลับทำให้ร่างกายหดเล็กลงกลายเป็นเด็ก เพราะเซลล์เหลือจำนวนน้อยทำให้ร่างกายเล็กลง แต่ไม่ทำให้เสียชีวิต เพื่อจะสืบหาความจริงว่าคนพวกนั้นเป็นใคร และหายาแก้พิษเพื่อที่จะกลับคืนเป็นวัยรุ่นอีกครั้ง
