เรื่องย่อ: Detective Conan: The Disappearance of Conan Edogawa, the Worst Two Days in History เนื้อเรื่องของโคนันตอนพิเศษนี้เกิดขึ้นในโรงอาบน้ำ เมื่อรัน, ไอ, และโคนัน ชวนกันไปอาบน้ำในโรงอาบน้ำสาธารณะ ในระหว่างที่กำลังจะเข้าไปอาบน้ำนั่นเอง โคนันได้พบกับชายที่เป็นนักฆ่าระดับตำนาน จึงเข้าไปสืบหาข้อมูล แต่โคนันกลับลื่นล้มหัวฟาดพื้นห้องน้ำ ทำให้เขาสลบไป พวกคนร้ายใช้โอกาสนี้ลักพาตัวโคนันไป ในระหว่างนั้นเองรันและไอก็เพิ่งรู้ตัวว่าโคนันหายตัวไป จึงพยายามสืบหาตัว ส่วนโคนันฟื้นขึ้นที่รังของคนร้าย แถมยังความจำเสื่อมเพราะหัวกระแทกพื้นอีกด้วย เขาจะเอาตัวรอดออกมาได้หรือไม่?
