ณ ศูนย์การทดลองลับสุดยอดของรัฐบาล อนาคอนดา 2 ตัวถูกทดลองอยู่ภายใต้การดูแลของ อแมนด้า นักวิทยาศาตร์สาวผู้ปราดเปรื่อง (คริสตัน อัลเลน) แต่เมื่อเมอร์ดอ ชมหาเศรษฐีผุ้อุปถัมภ์การทดลองครั้งนี้ (จอห์น ริส-เดวี่ส์) ผลักดันการทดลองให้ก้าวไกลจนเลยเถิดอนาคอนดาทั้ง 2 ตัวที่หิวโหยอย่างเต็มที่ได้หลุดลอดออกมาและมุ่งหน้าเลื้อยเข้าเมืองเพื่อหาแหล่งอาหารของพวกมัน แต่ แฮมเม็ต ไม่รู้มาก่อนว่าเจ้างูยักษ์ตัว1กำลังตั้งท้องลูกอ่อนและพร้อมแพร่พันธุ์เลื้อยสยองโลกหนทางเดียว คือการล่าพวกมันก่อนที่เมืองทั้งเมืองจะไดรับการมาเยือนจากโครตมัจจุราช