นารูโตะได้ย้อนเวลากลับไปเมื่อ 20 ปีก่อนโดยบังเอิญ เพื่อตามล่าหานินจาหลบหนีที่ชื่อ "มูคาเดะ" ที่พยายามจะทำลายผนึกที่รุ่น 4 ลงเอาไว้ นารูโตะเลยต้องเข้ามาพัวพันกับภารกิจปกป้ององค์ราชินีแห่งโรรัน โดยมีนินจาโคโนฮะในอดีตที่นารูโตะเองก็น่าจะรู้จักเป็นอย่างดีมาช่วยเหลือและ.ร่วมกันปกป้อง ทั้งราชินี ทั้งชาวเมือง เพื่อให้พ้นจากการยึดครองโดยการใช้สายแร่มังกร พวกเขาจะร่วมกันปฏิบัติภารกิจครั้งนี้ได้สำเร็จหรือไม่