เรื่องราวของ คุโด้ ชินอิจิ ยอดนักสืบม.ปลาย วัย 17 ปี ที่ไปเที่ยวกับเพื่อนสาวคนสนิทที่ชื่อว่า โมริ รัน ที่บังเอิญไปเห็นเหตุการณ์ที่ไม่ชอบมาพากลของ ชายชุดดำกลุ่มหนึ่ง แต่กลับโดนจับได้จึงถูกจับกรอกยาพิษที่ทำให้ตัวเล็กจิ๋ว กลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความชุลมุนวุ่นวายทำให้ ชินอิจิ ตั้งชื่อตัวเองใหม่ว่าโคนัน และจับพลัดจับผลูไปอยู่กับ รัน เพื่อทำการสืบหาองก์กรลับ ชายชุดดำ และเปิดโปงความชั่วร้ายขององค์กรนี้ รวมทั้งหาทางคืนร่างเดิมให้ได้เร็วที่สุด
