เรื่องราวนั้นจะดำเนินตามเรื่องราวเดิมในปี 1985 ในวันหนึ่งโนบิตะได้ไปพบเจอกับยานอวกาศลำจิ๋ว ที่ข้างในมีมนุษย์อวกาศขนาดจิ๋วอยู่ด้วย นามว่า ปาปิ ซึ่งเดินทางมาจากดวงดาวที่มีชื่อว่า ปิริกะ เพราะหลบหนีกองทัพ PCIA (พีเซีย) ผู้แสนชั่วร้าย โดราเอมอนและผองเพื่อนจึงต้องช่วยเหลือปาปิให้กลับไป กอบกู้บ้านเมืองของเขาให้ได้ด้วยอุปกรณ์วิเศษนั่นเอง