สิบปีให้หลังจากการที่เกิดเหตุการณ์ 'หลอมรวมครั้งใหญ่' จากเหตุการณ์ใน Eureka Seven Hi-Evolution 2 ANEMONE ประชากรของโลกได้แบ่งออกเป็น นั่นคือ คือ กรีนเอิร์ธ (Green Earth) หรือ กลุ่มประชากรที่ถูกดึงมาจากโลกสคับโครัล กับ บลูเอิร์ธ (Blue Earth) ประชากรที่อยู่บนโลกดั้งเดิม แต่การมาอยู่ร่วมกับบนโลกของ 2 กลุ่มชีวิตที่แตกต่างกัน ทำให้เกิดความขัดแย้งต่างๆมากมาย อาจจะเพราะภัยที่เกิดขึ้นไปก่อนหน้านั้น หรืออาจจะเพราะความกลัวต่ออนาคตที่่ยังมาไม่ถึง และในช่วงเวลานี้ ยูเรก้า หญิงสาวที่ถูกเกลียดชังจากทั้งโลกในฐานะสัญลักษณ์และเป็นต้นเหตุของการแบ่งแยกโลกเป็นสองฝ่าย ได้ทำงานในฐานะเจ้าหน้าที่ชั้นแนวหน้าของ A.C.I.D. หน่วยงานลับ ในสังกัดของทาง U.N. ภารกิจพิเศษใหม่ของ ยูเรก้า ในครั้งนี้คือการปกป้อง ไอริส หรือ 'ยูเรก้าคนใหม่' เด็กสาวที่เกิดขึ้นมาจากสคับโครัล และมีพลังในการควบคุมโลกสคับโครัล แบบที่ ยูเรก้า เคยมีในอดีต และไอริส ก็คือกุญแจสำคัญที่อาจจะทำให้โลกต้องลุกเป็นไฟอีกครั้ง !!! ขณะที่พบหน้ากันเป็นครั้งแรก ผู้หญิงทั้งสองคนก็ต่างเข้าใจในความเปล่าเปลี่ยวของกันและกัน ยูเรก้า จึงทุ่มทุกอย่างเต็มกำลังเพื่อปกป้อง ไอริส และ โลกให้ปลอดภัย !!