เรื่องราวภาคสองจับเอาฉากจบภาคแรกมาสานความต่อทันที หลังจากฝ่ายมนุษย์ชนะพ่อมดชางซุงไปได้ โลกควรจะสงบสุข แต่จู่ๆ ก็เกิดลมพายุดำขึ้น พวกปีศาจฝ่าย Outworld มากันเต็มไปหมด พร้อมด้วยหัวหน้าใหญ่ เชาคาน (Brian Thompson) จอมจักรพรรดิที่ยกทัพฉีกกฎ Mortal Kombat เพื่อครองโลกทั้งใบภายใน 7 วัน
แต่ฝ่ายมนุษย์ย่อมยอมไม่ได้ นำโดยลูเคง (Robin Shou) , ซอนย่า เบลด (Sandra Hess) , จอห์นนี่ เคจ (Chris Conrad) และ เจ้าหญิงคิทาน่า (Talisa Soto) เลยออกโรงต่อกรกับพวกเขาเชาคานในทันที แต่ฝีมือของเชาคานร้ายกาจจนพวกเขาไม่สามารถรับมือได้ ลอร์ด เรย์เดน (James Remar) เทพเจ้าสายฟ้าผู้คอยช่วยเหลือเหล่านักสู้ฝ่ายมนุษย์เลยจัดการพาทุกคนหนีออก มาเพื่อตั้งหลัก
ระหว่างนั้นเรย์เดนได้มอบหมายให้แต่ละคน แยกย้ายกันไปตามแผน เพื่อฝึกวิชาและหายอดฝีมือมาช่วยรบในศึกใหญ่ครั้งนี้ ลูเคงต้องเดินทางไปฝึกวิชากับไนท์วูลฟ์ (Litefoot) และได้เจอกับนักสู้สาวนามว่าเจด (Irina Pantaeva) ด้านซอนย่าก็พบกับแจ็กซ์ บริกก์ส (Lynn ‘Red’ Williams) อดีตคู่หูเพื่อนร่วมงานที่มาเสริมทัพโลกมนุษย์อีกแรง และเรย์เดนก็เดินทางไปหาเทพสูงสุดเพื่อหาทางใช้อำนาจของเทพมาสยบเชาคาน แล้วมหาภัยครั้งนี้จะรอดพ้นไปได้อีกหรือไม่
