กล่าวถึงการต่อสู้เพื่อเมืองนินจาโก ที่ต้องอาศัย ลอยด์ผู้เยาว์วัย หรือในชื่อว่า นินจาเขียว พร้อมกับเพื่อนๆที่ล้วนเป็นนักรบปริศนาและ LEGO Master Builders ที่นำโดย ปรมาจารย์กังฟูวู ผู้มีความอัจฉริยะปราดเปรื่อง พวกเขาต้องต่อสู้เอาชนะผู้นำที่ชั่วร้ายอย่างการ์มาดอน ผู้ร้ายตลอดกาลที่เป็นพ่อของลอยด์เอง การเผชิญหน้าระหว่างจักรกลต่อจักรกล พ่อกับลูก การเผชิญหน้าครั้งใหญ่นี้จะเป็นบททดสอบนินจารุ่นใหม่ที่มีความโหดเหี้ยมแต่ไร้ระเบียบวินัย ซึ่งพวกเขาจะได้เรียนรู้วิธีตรวจสอบอีโก้ของตัวเอง และรู้จักควบคุมอารมณ์เพื่อแสดงพลังที่แท้จริงของพวกเขาออกมา