ในปี 2065 การโจมตีโลกของกลุ่มมนุษย์ต่างดาวสายพันธุ์ใหม่ที่มีชื่อเรียกว่า "แฟนธ่อม" กำลังจะเริ่มต้นขึ้น ดร. อากิ รอส (หมิง-นา), นักวิทยาศาสตร์สาวสวยผู้ต้องทำงานแข่งกับเวลาในการหาทางที่จะค้นหาความลับของผู้รุกรานจากนอกโลกนี้ให้พบ ซึ่งมิใช่เพียงเพื่อปกป้องโลกนี้ และเพื่อปกป้องตัวเธอเองหลังจากที่เธอติดเชื้อจากพวกมันเข้าโดยบังเอิญ ตอนนี้เธอได้เข้าร่วมกับกองกำลังรบพิเศษ "ดีพอายส์" ที่นำทีมโดยเพื่อน/คนรักเก่าของเธอ ผู้กองเกรย์ เอ็ดเวิร์ดส (อเล็ค บอลวินด์) แต่ขณะที่ทั้งเธอและดร. ซิด (โดนัลด์ ซัทเทอร์เเลนด์) รวมถึงเกรย์ต่างก็หาทางที่จะยุติวิกฤตนี้ด้วยสันติวิธี แต่ทางกองทัพฯ ที่นำโดยนายพลไฮน์ (เจมส์ วู้ดส์) ก็กำลังวางแผนที่จะโจมตีทำลายทั้งเอเลี่ยนให้หมดในพริบตาเดียว...ถึงแม้จะต้องทำลายโลกนี้ไปด้วยก็ตาม