เรื่องย่อ วันหนึ่ง นักสืบม.ปลาย วัย 17 ปี ที่ชื่อ คุโด้ ชินอิจิ ไปเที่ยวสวนสนุก Tropical Land กับเพื่อนตั้งแต่สมัยเด็ก ชื่อ โมริ รัน แล้วระหว่างนั้นก็เกิดคดีฆาตกรรมขึ้น ชินอิจิก็ได้ทำการคลี่คลายคดี ได้สำเร็จ แต่ก็ยังเคลือบแคลงใจชาย 2 คนในผู้ต้องสงสัย เลยแอบสะกดรอยตามไป จึงได้ไปเห็นหนึ่งในผู้ต้องสงสัย ซึ่งเป็นชายในชุดดำ (วอดก้า) กำลังก่อคดีอยู่ ชินอิจิที่แอบมองอยู่ ไม่ทันระวังตัว ชายชุดดำอีกคน (จีน) ก็ได้ใช้ของแข็งตีที่หัวของชินอิจิ ทำให้ชินอิจิสลบไป แล้วจับกรอกยาพิษ ซึ่งทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงเป็นเด็ก ……….เมื่อชินอิจิตื่นขึ้นมา เขาก็ได้ค้นพบว่าตัวเองได้กลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความตกใจ ชินอิจิรีบวิ่งไปหาเพื่อนบ้าน ด.ร. อากาซะ เพื่อบอกเรื่องนี้ ดร. จึงช่วยหาเสื้อผ้า มาเปลี่ยนให้ ระหว่างนั้นเอง รัน ก็มาที่บ้านดร. เพื่อถามหาชินอิจิ ชินอิจิที่ร่างเล็กอยู่ เลยต้องรีบคว้าแว่นมาใส่ พอรันถามว่าชื่ออะไร ชินอิจิ ชำเลืองไปเห็นชื่อหนังสือของ เซอร์ โคนัน ดอยส์ บนชั้นหนังสือของดร. จึงบอกไปว่าชื่อ เอโดกาวา โคนัน ……….พ่อแม่ของโคนันอยู่ต่างประเทศ ดร.อากาซะ จึงแนะนำให้โคนันไปอยู่ที่บ้านของรัน กับพ่อของเธอที่ทำอาชีพเป็นนักสืบรับจ้าง ขื่อ โมริ โคโกโร่ ซึ่งเป็นนักสืบที่ไม่ได้เรื่อง เผื่อจะได้ติดตามข่าวของพวกชายชุดดำได้ หลังจากที่โคนันไปอยู่ที่บ้านของรันไม่นาน เมื่อเกิดคดีต่างๆขึ้น โคนันก็จะช่วยคลี่คลายคดีแทนโมริ โคโกโร่ โดยใช้ปืนยาสลบทำให้หลับ แล้วใช้โบหูกระต่ายเปลี่ยนเสียง ซึ่งเครื่องมือเหล่านี้ ดร. เป็นคนทำทั้งนั้น อย่างไรก็ตาม การคลี่คลายคดีของโคนัน ทำให้ โคโกโร่ กลายเป็นนักสืบที่โด่งดัง จนได้มีชื่อว่า โคโกโร่ นิทรา ต่อมาก็มีคดีมากมายเกิดขึ้นเพื่อให้โคนันคลี่คลายอยู่เสมอ ในขณะเดียวกัน โคนันก็พยายามที่จะตามหาชายชุดดำเพื่อที่จะคืนร่างเป็นชินอิจิคนเดิมให้ได้ …
