ในปีที่ 32 ก่อนยุทธการยาวิน เกิดความขัดแย้งกันขึ้นในเรื่องเกี่ยวกับการค้าระหว่างสหพันธ์พาณิชย์กับดาวนาบู (Naboo) ซึ่งก่อให้เกิดการปิดล้อมดาวนาบูขึ้น สมุหนายกวาโลรัมได้ลอบส่งอัศวินเจไดสองนาย คือ ไควกอน จินน์ (Qui-Gon Jinn) และโอบีวัน เคโนบี (Obi-Wan Kenobi) ออกไปแก้ปัญหาอย่างลับๆ แต่ไม่มีผู้ใดล่วงรู้เลยว่า แท้จริงแล้วสหพันธ์พาณิชย์นั้นได้ร่วมมือกับดาร์ธ ซิเดียส (Darth Sidious) ผู้ลึกลับ ซึ่งเป็นผู้สั่งการรุกรานดาวนาบู และสั่งฆ่าเจไดทั้งสองทันทีที่เดินทางไปถึงยังยานสหพันธ์ แต่อย่างไรก็ตาม ไควกอน และโอบีวันก็หลบหนีออกมาได้และเดินทางไปยังพื้นผิวดาวนาบู บนดาวนาบู เจไดทั้งสองได้พบกับจาร์ จาร์ บิงคส์ (Jar Jar Binks) ชาวพื้นเมืองที่อาศัยอยู่บนดาวนาบู จาร์ จาร์ บิงส์ช่วยพาเจไดทั้งสองคนหลบหนีกองทัพสหพันธ์ฯ ไปยังนครกันก้าเมืองใต้บาดาลของชาวกันแกน ในขณะเดียวกันทางด้านสหพันธ์ฯ ก็บุกรุกเข้าสู่นาบูและจับตัวราชินีแพดเม่ อมิดาลา (Queen Amidala) ผู้นำนาบูไว้ ด้านเจไดได้พบกับบอสแนซ (Boss Nass) ผู้นำชาวกันแกน และขอให้แนซช่วยชาวนาบู แต่แนซปฏิเสธและให้ยานแก่เจไดทั้งสองไป ด้วยยานดังกล่าว เจไดทั้งสองพร้อมด้วยจาร์จาร์บิงส์ได้เดินทางไปถึงเมืองหลวงของนาบู และเข้าช่วยเหลือราชินีอมิดาล่าจากกองทัพดรอย์ของสหพันธ์ไว้ได้ จากนั้นพวกเขาเดินทางสู่คอรัสซานท์ (Coruscant) ซึ่งเป็นเมืองหลวงของสาธารณรัฐ (Galactic Republic) เพื่อขอความช่วยเหลือจากสภาสูง ในระหว่างการเดินทางหลบหนีออกจากดาวนาบูนั้น ดรอย์ตัวหนึ่ง รหัส R2-D2 ได้กลายเป็นฮีโร่ เมื่อสามารถช่วยซ่อมแซมยานขณะถูกยานของสหพันธ์ไล่ยิงได้ อย่างไรก็ตาม จากการถูกโจมตีระหว่างเดินทางหลบหนีนั้น ทำให้จำเป็นต้องลงจอดยานบนดาวทะเลทรายทาทูอีนเพื่อทำการซ่อมแซม ในระหว่างหาซื้ออะไหล่ที่ต้องการอยู่นั้น พวกเขาก็ได้พบกับอนาคิน สกายวอล์คเกอร์ (Anakin Skywalker) ทาสของพ่อค้าอะไหล่ชาวต่างดาวนามวัตโต้ (Watto) อนาคินเป็นเด็กที่มีพรสวรรค์ทางด้านการเป็นนักบินและการประดิษฐ์สิ่งจักรกลต่างๆ (เขาได้สร้างดรอย์ตัวหนึ่งได้เกือบสมบูรณ์ โดยให้ชื่อว่า ซีทรีพีโอ (C-3PO) ไควกอน จินสัมผัสถึงพลังที่แข็งแกร่งในตัวอนาคิน และรู้สึกว่าเขาอาจเป็นผู้ที่ถูกเลือก และนำสมดุลมาสู่พลัง ตามคำทำนายโบราณของเจได ไควกอนนำอนาคินเข้าสู่การแข่งขันพอดเรซ (podrace) และพนันกับวัตโต้ในการให้อิสระแก่อนาคินหากอนาคินชนะการแข่งขัน (เพียงอนาคินเท่านั้น เนื่องจากไควกอนไม่สามารถต่อรองขอแลกอิสรภาพของทั้งอนาคินและแม่ได้) พร้อมกับไควกอนจะได้อะไหล่ยานที่ต้องการ อนาคินชนะการแข่งขันและได้ร่วมเดินทางสู่คอรัสซานท์ซึ่งไควกอนตั้งใจจะขออนุญาตจากสภาเจไดในการฝึกฝนอนาคินให้เป็นเจได แต่ในขณะเดียวกันนั้นดาร์ธ มอล (Darth Maul) ศิษย์ของซีเดียสได้ถูกส่งมายังทาทูอีนเพื่อกำจัดเจไดทั้งสองและจับตัวควีนอมิดาล่า โดยดาร์ธ มอลปรากฏตัวขึ้นในขณะที่พวกไควกอนกำลังจะขึ้นยานเพื่อเดินทางออกจากทาทูอีน ดาร์ธ มอลได้ต่อสู้กับไควกอน แต่ไควกอนก็สามารถขึ้นยานและเดินทางออกจากทาทูอีนได้สำเร็จ บนคอรัสซานท์ ไควกอนได้แจ้งแก่สภาเจไดถึงบุคคลลึกลับที่เขาต่อสู้ด้วยบนทาทูอีน และเนื่องจากบุคคลผู้นั้นมีศิลปะการต่อสู้แบบเจได ทำให้สภาเป็นกังวลว่านี่อาจจะเป็นสัญญาณการกลับมาของซิธ (Sith) ผู้อยู่ในด้านมืดของพลังที่ได้หายสาบสูญไปนานแล้ว จากนั้นไควกอนได้แจ้งแก่สภาถึงเรื่องอนาคินและหวังว่าเขาจะได้รับอนุญาตให้ฝึกฝนอนาคินเป็นเจได แต่หลังจากได้รับการทดสอบแล้ว สภาเจไดได้ทำการปฏิเสธที่จะฝึกฝนอนาคินให้เป็นเจไดเนื่องจากเขาวัยมากกว่าตามที่กฎของเจไดกำหนดไว้ และพวกเขายังกังวลถึงอนาคตที่มืดมัวและความกลัวอย่างรุนแรงที่พวกเขาสัมผัสได้ในตัวอนาคิน ขณะเดียวกันวุฒิสมาชิกพัลพาทีน (จากดาวนาบู) ก็ได้ใช้สถานการณ์ของควีนอมิดาล่าให้เป็นประโยชน์ โดยโน้มน้าวให้เธอยื่นไม่ไว้วางใจสมุหนายกวาโลรัม เพื่อที่ตนเองจะได้รับการเสนอชื่อให้เป็นสมุหนายกคนใหม่ หลังจากนั้นควีนอมิดาล่าได้ตัดสินใจเดินทางกลับไปยังนาบู เพื่อต่อสู้กับการรุกรานเนื่องจากเห็นว่าสภาไม่ให้ความช่วยเหลือใดๆ และกว่าที่พัลพาทีนจะได้รับเลือกให้เป็นสมุหนายกคนใหม่ก็คงสายเกินไป โดยที่เจไดทั้งสองนาย ไควกอนและโอบีวันได้ร่วมเดินทางไปยังนาบูกับราชินีอมิดาล่าด้วย เมื่อถึงดาวนาบู ควีนอมิดาล่าได้เข้าพบชาวกันแกนและขอความช่วยเหลือ ในการต่อสู้กับกองทัพสหพันธ์ฯ หลังจากต่อสู้กับกองทัพดรอย์ของสหพันธ์ฯ ไปได้ระยะหนึ่ง กองทัพกันแกนก็จวนเจียนจะพ่ายแพ้ แต่ก็กลับมาเป็นฝ่ายชนะ เมื่ออนาคินขับเครื่องบินรบและสามารถทำลายยานบัญชาการกองทัพดรอย์ของสหพันธ์ฯ ซึ่งทำให้กองทัพดรอย์หยุดการทำงานได้สำเร็จ ขณะเดียวกัน ทางด้านราชินีอมิดาล่าก็ได้พากำลังทหารของเธอกลับไปที่พระราชวัง เพื่อจับตัวอุปราชของสหพันธ์ฯ และในเวลาเดียวกันดาร์ธ มอลก็กำลังต่อสู้กับเจไดทั้งสอง เขาสังหารไควกอนได้สำเร็จ แต่ดาร์ธ มอลก็กลับถูกโอบีวันฆ่าตาย ก่อนที่ไควกอนจะสิ้นใจ เขาได้สั่งเสียโอบีวันให้ฝึกฝนอนาคินเป็นเจได ซึ่งโอบีวันก็รับปากตามที่ไควกอนขอ หลังการสู้รบจบสิ้น สภาเจไดแต่งตั้งให้โอบีวันเป็นอัศวินเจได โอบีวันเอ่ยถึงความตั้งใจของไควกอนที่ต้องการฝึกฝนให้อนาคินเป็นเจไดกับโยดา (Yoda) โยดาอนุญาตให้โอบีวันรับอนาคินเป็นศิษย์อย่างไม่เต็มใจ ในพิธีเผาศพของไควกอน เมซ วินดู (Mace Windu) และโยดาเห็นต้องกันว่าการตายของไควกอนนั้นเป็นฝีมือของซิธ และเนื่องจากซิธจะต้องมีสองคนเสมอ (อาจารย์และศิษย์) วินดูและโยดาจึงเชื่อว่ายังมีซิธอีกคนเหลืออยู่ที่ไหนสักแห่ง ภาพยนตร์ปิดฉากลงด้วยการเฉลิมฉลองอิสรภาพจากสหพันธ์ฯ บนดาวนาบู ราชินีอมิดาล่าได้มอบของขวัญให้แก่แนซเพื่อเป็นการยกย่องและเป็นสัญลักษณ์แห่งมิตรภาพ
