นี่คือเรื่องราวของเหล่ามาสค์ไรเดอร์ กับการแปลงร่างที่ข้ามยุคสมัย ที่จะยืนหยัดต่อสู้ไปถึง 100 ปี ในปี 2021 ปีศาจลึกลับ “เดียโบล” ผู้ถูกผนึกไว้ใน เดียโบลสแตมป์ ได้ถูกปลดปล่อยออกมาบนโลกอีกครั้ง ในปี 2071 หรือเวลาห้าสิบปีให้หลังจากเหตุการณ์ข้างต้น มนุษยชาติได้ตกเป็นทาสของเหล่าปีศาจ เหตุการณ์ดังกล่าว ทำให้ โมโมเสะ ริวโนะสุเกะ ต้องแปลงร่างเป็น มาสค์ไรเดอร์เซนจูรี่ แล้วเดินทางย้อนเวลามายังปี 2021 เพื่อกำจัด เดียโบล ก่อนที่ปีศาจตนดังกล่าวจะได้พลังที่สามารถครองโลกได้ มาสค์ไรเดอร์เซนจูรี่ ได้พบกับ อิการาชิ อิคคิ มนุษย์ผู้ทำสัญญากับปีศาจที่แฝงอยู่ในตัวชื่อ ไวซ์ ผู้แปลงร่างเป็น มาสค์ไรเดอร์รีไว กับ มาสค์ไรเดอร์ไวซ์ ที่คอยต่อสู้กับปิศาจร้าย, และ คามิยามิ โทมะ นักเขียผู้แปลงร่างเป็น มาสค์ไรเดอร์เซเบอร์ เพื่อปกป้องโลกจากการรุกรานของเหล่าปีศาจ พวกเขาต้องร่วมมือกัน และใช้พลังของมาสค์ไรเดอร์ เดินทางกลับสู่อดีต และ ทะลุศตวรรษสู่อนาคต เพื่อปกป้องความสงบของมนุษยชาติเอาไว้