ศึกสุดท้ายที่เดิมพันด้วยชะตากรรมของกาลเวลาได้เริ่มขึ้นแล้ว

ในคัมภีร์มีเรื่องเล่ากล่าวว่า ขบวนรถไฟผีสิงมีความลับที่ยิ่งใหญ่ซ่อนไว้อยู่ เพื่อล่วงรู้ความลับนั้น พวกโมโมทารอสจึงเริ่มเคลื่อนไหว ทว่า เบื้องหน้าพวกเขากลับมี "มาสค์ไรเดอร์ยูคิ" ซึ่งก็คือเรียวทาโร่ที่ถูกลักพาตัวไปและถูกนำมาใช้เป็นเครื่องมือคอยขัดขวางอยู่!! การโจมตีของยูคิทำให้ยูโตะบาดเจ็บสาหัส ระหว่างนั้นเองเดนไลเนอร์ขบวนใหม่ก็ปรากฏตัวพร้อมกับนักรบเดนโอคนใหม่ เรื่องที่น่าตกใจกว่าก็คือ "นิวเดนโอ" ที่แท้จริงแล้วเป็นหลานของเรียวทาโร่ที่มาจากอนาคต การต่อสู้ครั้งสุดท้ายกำลังท้าทายเรียวทาโร่และพวกโมโมทารอสอยู่!!

นี่คือ Climax ที่แท้จริง! การต่อสู้ครั้งสุดท้ายที่ต้องจารึกเอาไว้ จงจารึกสุดยอดผลงานของเดนโอไว้ในหัวใจ!... แล้วก็..ลาก่อน!?